对于公司停工两个月的工资发放问题，可依据《工资支付暂行规定》明确法律依据。
根据《工资支付暂行规定》第十二条：“非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。”
您的情况中，公司停工两个月已超过一个工资支付周期：若停工非您原因，第一个月需按合同约定发工资，第二个月若您提供正常劳动，工资不低于当地最低工资；若未提供，按生活费标准（如部分地区为最低工资的70%-80%）发放。若停工因您自身原因，公司无需支付工资。
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针对您咨询的公司停工两个月期间工资发放及劳动局是否收费的问题，我们先明确核心结论。
公司停工两个月期间的工资发放需分阶段按法律规定执行，劳动局处理劳动争议不收取费用。
1. 若停工属非因劳动者原因造成：
- 第一个工资支付周期内，按劳动合同约定的标准发放工资；
- 超过一个工资支付周期后，若您提供了正常劳动，工资不得低于当地最低工资标准；若未提供正常劳动，按国家有关规定（如生活费标准）办理。
2. 若停工因劳动者自身原因导致：
- 用人单位无需支付停工期间的工资。
3. 关于劳动局收费：
- 劳动仲裁委员会处理劳动争议不收取费用，劳动监察部门接受投诉举报也不收费。
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公司停工两个月期间，可能存在以下法律风险点。
1. 诉讼时效风险：劳动争议申请仲裁的时效为一年，若您在公司停工后超过一年未主张权利，可能无法通过仲裁或诉讼追讨工资。例如：公司2023年1月停工，您2024年2月才申请仲裁，已超过时效，仲裁委可能不予受理。
2. 证据链风险：若您未保留劳动合同、停工通知或工资发放记录，可能无法证明劳动关系或公司未按规定支付工资。例如：公司否认停工事实，您因无停工通知，无法证明停工期间的工资诉求。
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公司停工两个月的工资处理，可能受以下特殊情况影响。
1. 不可抗力导致停工：若公司因自然灾害、疫情等不可抗力停工，可能与员工协商降低工资标准或延期支付工资。例如：疫情期间公司停工，与员工协商第一个月按合同发工资，第二个月按当地最低工资的80%发放，该协商结果需有书面协议才合法。
2. 员工同意调整工资：若员工书面同意公司在停工期间调整工资标准（如降低至最低工资），则公司按协议执行即可。但需注意，协议需双方自愿签署，不得强迫。
3. 公司破产或清算：若公司因经营困难破产，停工期间的工资将作为破产债权优先受偿，但可能无法全额支付。

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